1931 Yılında Ahmet Nuri Aksüyek yönetiminde, Seyit Ali Doğaneli, Ahmet Çiftlikli, Kemal Pınar, Halil Yaralı, Reyşat Korguz, Mehmet Adanalı tarafından Ahmet Çiftlikli’nin Evinde hazırlanan tüzükle SAKARYASPOR adı ile kurulan Siyah Beyazlı takım, 15 defa Manisa amatör şampiyonluğunu, 3 defa Türkiye Amatör takımlar Grup şampiyonluğunu 1953-54 yılında da amatör kulüpler şampiyonasında Türkiye üçüncüsü oldu.
Türk futboluna sayısız futbolcu yetiştiren Sakaryaspor 2.Dünya Savaşı yıllarında faaliyeti durunca 1946 yılında zamanın savcı yardımcılarından Şemi Ergin yönetiminde ikinci kez kurulmuştur.
1963 Yılında Enver CİDER Başkanlığındaki yönetimde yer alan Hasan Vardarer, İbrahim Atagürleyik, Kerim Sartık, İzzet Ödev, Kemal Doğan, Zeynullah Vardarer ,Tevfik Türkoğlu, Beden Terbiyesi Bölge İl Müdürü Orhan Erkal, Kulüp Üyeleri Nevzat Manisalı, Nevzat Şengül, Fikri Bayrıl, Cevdet Özgirgin, Enver Tokmatış’ın büyük gayretleri İle profesyonellik kabul edilerek 1963-1964 yılında liglere karıldı. 1964-1965 sezonunda 22 gol Atıp 53 gol yiyen siyah beyazlı ekip topladığı 16 puanla ligden düşen ekip oldu. Statü değişikliğinden yararlanarak Türkiye 2.liginden kopmadan sezona girdi. Ünlü Antrenör Naci Özkaya’nın ligden düşürdüğü takımın başına Karşıyakalı Cevat Gök getirildi.
1965 Yılında yapılan genel kurulda Sakaryaspor adını terkederek MANİSASPOR adını aldı. Enver Cider yönetimindeki Orhan Tözge, Tevfik Yayman, Enver Toktamış, Çetin Arbil,Kerim Sartık, İzzet Ödev, Dr. İbrahim Atagürleyik, Tevfik Türkoğlu, Ahmet Çay yönetimi İle 1965-1966 sezonuna giren Manisaspor ligi üst sıralarda bitirdi. Türkiye 2.ligindeki ilk profesyonel ekiplerinden olan siyah beyazlılar sürekli Manisa'lı iş adamlarının ve zengin ailelerin desteği ile aralıksız 17 yıl 2.ligdeki mücadelesinin ardından 1982-1983 sezonunda ligden düşen Manisaspor bir yıl aradan sonra 1984-1985 sezonunda Hasan Uçmak başkanlığında 2.lige çıktı. Ancak talihsiz bir sezon yaşayan siyah beyazlılar 1985-1986 sezonunda Ömer Bulur başkanlığında yeniden 3.lige düştüler. Düştüğü yıl zor bir sezon geçiren Manisaspor 1987-1988 sezonunda VESTEL Sponsorluğunda bir yıl mücadele etti. Ancak başarılı olamadı. 1989 yılında Zafer Ünal’ın Belediye Başkanlığı ile destek bulan siyah beyazlılar Manisaspor olarak lige devam ederek 1991-1992 sezonunda Cengiz Pulcuoğlu başkanlığındaki yönetim Belediye Başkanı Zafer Ünal’dan aldığı büyük destekle yeniden 2.lige çıktı. 1993-1994 sezonunu 2.ligde geçiren Manisaspor talihsiz bir sezon geçirerek yine düştü. Kuruluşundan 1994 yılına kadar tam 30 yılı profesyonellikle geçiren siyah beyazlılar üç kez düştükleri 2.lige kısa aralıklarla yeniden yükselme imkanı bulurken düştükleri 1993-1994 sezonundan sonra maddi imkansızlıklar nedeniyle tam 6 yıl süre ile 3.ligde oynayarak 2.lige çıkma uğraşı verdi. 3.ligde Oğuz Sümer’in iki sezon başkanlık yaptığı Manisaspor 1996-97 sezonunda Ertuğrul Aytaç başkanlığındaki yönetimle üç sezon geçirdi. 3 yıla yakın bir süre görev yapan Aytaç yönetimi lig ikinciliğine kadar yükselip kıl payı şampiyonluk kaçırdı.
Manisaspor 1999 sezonu ikinci devresinde olağan üstü yapılan kongre ile Cengiz ERGÜN Başkanlığında yönetim göreve başladı. Belediye, Valilik, Kamu kuruluşlarının desteği ile
2000-2001 sezonunda Vestel şirketi ile anlaşarak, Ahmet Nazif ZORLU ile iki yıllık protokol imzalandı. Cengiz Ergün Başkanlığında Manisaspor lig üçüncülüğünü elde ederek yeni statü gereği Türkiye 2.ligi B Grubuna yükseldi. 2001-2002 sezonunda yönetim, Başkan Cengiz Ergün, Ömer Yüngül,Harun Bolel, Arif Koşar, Emin Kabalar, Semih Vardarer, Alpaslan Ustamehmetoğlu, Turgay Alan, Zeki Ayaydın, Gürhan Onat, Fikret Taşçı, Hakkı Baru, Hasan Uluçaylı, Haydar Kocademir Ve Şükrü Buğa’dan oluşturuldu. 2002-2003 futbol sezonunda Manisaspor ligi 8. sırada tamamladı.
2003-2004 Sezonunda Manisaspor Teknik Direktör Olarak Mustafa DENİZLİ ile anlaştı ve ligi 4. sırada bitirdi. 2004-2005 Sezonunda Mustafa Denizli ile yollarını ayıran Manisaspor Teknik Direktör olarak tekrar Levent Eriş le anlaştı ve ligin bitimine 3 hafta kala takım Süper Lige çıktı.
İki sezondur Süper Ligde mücadele veren Manisaspor, bu ligde henüz somut bir başarı elde edememiş olmasına rağmen Süper Ligde kalmayı başarmıştır.
Yukarıdaki tarihçe de de görüldüğü gibi, Manisaspor esasen Türkiye'nin en köklü kulüplerinden birisi olmasına rağmen, neden 1931 olan kuruluş tarihi 1965 0larak değiştirilmiştir? Nasıl ki bir insan adını mahkeme kararıyla değiştirince onun doğum tarihi değişmezse, Manisaspor'un da kuruluş tarihinin, isminin değiştirimesi sonrasında, değiştirilmesi yanlıştır. Türkiye'de başta Galatasaray, Beşiktaş, Fenerbahçe, Ankaragücü ve Altay gibi bir çok kulüp bugünkü adları ile kurulmadıkları halde ya da adlarında bazı değişikliklere gidilmesine rağmen kuruluş tarihlerinde değişiklik yapılmamıştır. Bunu yapmak o kulüplerin kurucularına, verdikleri emeklere ve hatıralarına saygısızlıktır. Eğer bu mantıkla hareket ediliyorsa o zaman 2000 yılında Vestel'in kulübe sponsor olması ve isminin de kulübün isminin başına getirilmesiyle birlikte, kulübün kuruluş yılı 2000 olarak değiştirilmeliydi ki bu da yanlış olurdu. Bu nedenlerden dolayı Manisaspor'u seven herkesin kulüp yönetimine, kulübün kuruluş yılının 1931 olarak düzeltilmesi için baskı yapması gerekir ki Manisaspor tarihteki gerçek yerine otursun ve Türkiye'nin en köklü kulüplerinden biri olduğu herkes tarafından bilinsin ve de kurucularının hatıralarına da saygısızlık edilmemiş olsun.